1、做胃肠镜检查前，医生不了解胃肠内情况，有的“息肉”需进一步检查（如超声内镜、CT等）确定其来源层次，部分息肉需要先取活检，明确性质之后才能手术，如果病理报告息肉已经癌变就不适合胃肠镜手术而是适合外科手术。
2、不是所有的息肉都适合胃肠镜手术，较大的息肉（大于2厘米）需要ESD（粘膜剥离术）或外科手术才能完成；如果患者是家族性结肠息肉病也不适合内镜治疗。
3、无全面术前评估进行手术存在风险，胃肠息肉术前需要进行血常规、肝肾功、血糖、凝血功能、感染筛查、心电图、肺部X线等检查，确定无手术禁忌才能实施手术。部分病人在服用抗凝药物，一般需要停服抗凝药物5天以上才能行胃肠镜手术。
4、即使是再小的手术都存在风险，内镜下胃肠息肉切除术也不例外，内镜息肉切除主要并发症有麻醉意外、出血、穿孔、感染等，患者有知情权和选择权，医务人员需履行告知义 务，如果未进行告知患者手术可能存在的风险及得到病人及家属的签字认可，医生不能冒然手术。
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