太极殿又称退殿、寝殿、寝宫，为明嘉靖二年（公元1523年）创建，仿古“前殿后寝”之制布局。
“开天立极”题写在先天殿东侧门上，为清乾隆四年（1739年）甘肃巡抚、都察院佥都御史元展成题书。赞扬伏羲开天辟地，首创八卦，为人们提供了认识、改造自然、社会和人类自身的最高思想武器和行为准则。
庙区还有碑碣、匾额，大多数为历代地方名宦或者著名书法家所题写。这些都是考察伏羲庙的重要历史文化资料。
先天殿窗棂上的明代团龙雕刻，采用透雕技艺，雕饰蝙蝠扑云，龙凤呈祥，形象逼真，栩栩如生。具有很高的艺术价值，是我国木雕艺术的精品。
庙内前后院内原来纵八行，横八列，共有古柏六十四株，是按照伏羲八卦推演的六十四个方位栽植的。现在尚存三十七株，冬夏常青，生机盎然。
这些忘年古柏，虽历经沧桑，仍挺拔参天，庄重肃穆，挺拔苍翠，浓荫蔽日，现已成了珍贵的文物树了。
树干虽已倾倒，但顶部树叶仍郁郁葱葱，展示出其生命力的顽强。岁月流逝，已逾千年；虽然屡经兵燹天灾，阅尽人间沧桑，至今依旧昂然挺拔，令人叹为观止。
很多古树的造型都很别致，很精致，很风骨，很气概，很清奇，如同睿智的老人。
钟亭和鼓楼相对而建，暮鼓晨钟，格调十足，禅意十分。
《淮南子》记载:往古之时，四极废，九州裂；天下兼覆，地不周载。火监焱而不灭，水浩洋而不息；猛兽食颛民，鸷鸟老攫弱。于是女娲炼五色石以补苍天，断鳌足以立四极，杀黑龙以济冀州，积芦灰以止洪水。相传女娲补天，曾炼就五色石36501颗，实用36500颗，尚存一颗。她将自己万年修为贯注于这颗补天所余的五色石之上，自此该灵石就具有特别之力，只是有使用时限，一年之内只能使用三次。